Tiện ích đầu tiên khiến iPhone 6S vượt xa iPhone 6 là người dùng có thể chụp ảnh Live Photos với iPhone mới - nghĩa là chụp một bức ảnh động với thời gian vài giây trước và sau khoảnh khắc bấm máy. Tính năng này cho ra một bức ảnh khá mượt mà.
Tiếp theo, các ứng dụng có thể được mở ngay lập tức khi người dùng vuốt/chạm lên màn hình với tính năng 3D Touch. Giả sử khi bạn chạm và giữ tại biểu tượng Instagram các lựa chọn sẽ mở ra như hình trên.Đèn Flash trước cũng là một thay đổi đáng kể. Với tính năng này, khả năng chụp hình của iPhone mới sẽ tốt hơn rất nhiều từ camera selfie - mang lại những bức hình tự sướng rực rỡ sắc màu
Với tính năng 3D Touch, khi người dùng chạm và giữ vào bàn phím chính, bàn phím sẽ tự động chuyển thành một trackpad (như chuột máy tính) để người dùng di chuyển con trỏ một cách chính xác. Nhẹ nhàng chạm vào một góc khi đang trong giao diện của một ứng dụng để có thể mở ra phần thay đổi ứng dụng.
Khả năng đa nhiệm bắt đầu có trên iPhone mới là một trong những tiện ích khiến iPhone 6S vượt xa iPhone 6. Khi đang ở trong một ứng dụng mà nhận được lời mời chuyển tới một link khác thì có thể 3D Touch để xem trước nội dụng của link trước khi xác định có chuyển hay không
Siri được nâng cấp thành một người trợ lý điều khiển bằng giọng nói hoàn toàn. Bạn không cần phải cắm vào dock sạc trước khi nói Hey Siri để Siri có thể khởi động.